علاقة الجامعة بالجامعات الأخرى 

ورغم قصرعمر جامعة كسمايو الا أنها قطعت شوطا كبيرا في علاقاتها مع الجامعات الأخرى الأهلية في الصومال ، ومن أهم الجامعات التي تتعاون جامعة كسمايو معها، الجامعة الإسلامية في مقديشو، والمعهد الصومالي للتنمية الإدارية وجامعة شرق إفريقيا في بوصاصو، وغيرها من الجامعات الصومالية.

خارجيا فقد زار رئيس الجامعة الدكتور محمد عبدو آدم إلى كل من السودان ومصر في شهر أبريل 2007م، وخلال هذه الزيارة تشرف سعادته زيارة بعض الجامعات السودانية العريقة، كما التقى مع الجالية الصومالية في مصر إضافة إلى شخصيات وطنية مرموقة مقيمة في القاهرة، وكانت زيارته حافلة بالإنجازات.

التعاون مع الجامعات السودانية:

وخلال زيارته الى السودان أجرى رئيس الجامعة لقاءات ثنائية مع عدد من رؤساء الجامعات السودانية، من بينها جامعة أم درمان الاسلامية، وجامعة افريقيا العالية،وجامعة النيلين، وجامعة غرب كردفان.

وتم التباحث خلال هذه الزيارة حول التعاون المشترك بين جامعة كسمايو والجامعات السوادانية المذكورة في مجال البحث العلمي، وتبادل الزيارات، واعطاء منح دارسات عليا لأساتذة جامعة كسمايو، والاستفادة من الخبرات السوادينة،وتدريب أساتذة جامعة كسمايو، واقامة المخيمات الصيفية لطلاب الثانويات العامة في الصومال.

هذا وقد أكد الجانبان عمق الروابط والعلاقات التاريخية والثقافية بين الشعبين الشقيقين الصومالي والسوداني.

زيارة رئيس الجامعة إلى مصر:

وفي  زيارة رئيس جامعة كسمايو إلى مصر أجرى خلالها لقاءات مع الجالية الصومالية هناك، وشخصيات صومالية مرموقة مقيمة في مصر، أضافة الى ممثلين للجالية الصومالية في أوربا، وقدم لهم شرحا وافيا عن جامعة كسمايو، والمراحل التي مرت بها، ومشاريعها المستقبلية،  مؤكدا عزم إدارة الجامعة في بناء صرح علمي شامخ، للمساهمة في سد الحاجة الماسة للتعليم العالي في محافظات جوبا.

من جانبها قدمت الجالية الصومالية في مصر، وممثلين للجالية الصومالية في أوربا شكرها لإدارة جامعة كسمايو، وهيئة جميعة التوفيق الخيرية التي تشرف على أعمال الجامعة، بما توفر الجا معة من فرص تعليمية لأبناء وبنات تلك المنطقة.