تعود فكرة إنشاء الجامعة في مدينة كسمايو إلى عام 2001م من قبل إدارة جمعية التوفيق الخيرية، بالتعاون مع بعض أساتذة الجامعات الأهلية في الصومال بالإضافة إلى بعض شخصيات مرموقة من المجمتع المدني، وقد جاءت تلك الفكرة في وقت مناسب حيث أنشأت جمعية التوفيق الخيرية عددا من المدارس والمعاهد الخاصة في مدينة كسمايو والقري المجاورة لها الأمر الذي قد استوجب البحث عن مخرج ملائم في مجال التعليم العالي لهؤلاء الطلاب الذين يتخرجون من تلك المدراس.

ومن جهة أخري فإن منطقة جوبا السفلي رغم أنها منطقة إستراتيجية جغرافيا، وسكانيا،وسياسيا، وإقتصاديا الاأن أهلها لم يحظوا بخدمات التعليم العالي من قبل.

لهذا وذاك فإن تلك الجهود المباركة أدت إلى ميلاد أول جامعة أهلية في منطقة جوبا السفلي في تاريخ الصومال الحديث.

مراحل إنشاء الجامعة:

مرت فكرة إنشاءجامعة كسمايو بعدة مراحل نوجزها فيمايلي:

1.    في شهر يناير1- 2001م ظهرت فكرة إنشاء جامعة كسمايو من قبل إدارة جمعية التوفيق، وبعض المثقفين الصوماليين المتعاونين معها، وشخصيات مرموقة، حيث تم بلورة تلك الفكرة في إجتماع خاص عقد لهذا الغرض، فكونت لجنة فنية لدراسة هذا المشروع.

2.    في نهاية عام 2003م قدمت اللجنة توصياتها إلى الجهة المعنية حيث إقترحت إنشاء إنشاء معهد اللغة العربية لغير الناطقين بها، وبعد دراسة مقترحات اللجنة الفنية قرر المؤتمرون إجراء مزيد من الدراسات حول هذا الموضوع.

3.    في شهر مايو 2004م برزت فكرة تطوير معهد اللغة العربية لغير الناطقين بها إلى جامعة كسمايو.

4.    في شهر 1/9/2005م. تم إعلان تأسيس جامعة كسمايو حيث وضع السيد/ وزير إعادة الإسكان والتعمير في الحكومة الصومالية الإنتقالية حجر الأساس للمدينة الجامعية ، وكان يوما مشهودا.